Có một số ưu điểm cho các loài hoa tự thụ phấn. Đầu tiên, nếu như một cấu trúc di truyền nhất định phù hợp với một môi trường, tự thụ phấn giúp giữ đặc tính này ổn định trong loài. Không bị phụ thuộc vào các tác nhân giúp thụ phấn cho phép sự tự thụ phấn diễn ra khi không có ong và gió. Tự thụ phấn cũng là một ưu điểm khi số lượng hoa nhỏ hoặc bi phân bố rộng. Trong quá trình tự thụ phấn, hạt phấn không bị truyền từ hoa này sang hoa khác. Do đó ít phung phí phấn hoa hơn. Đồng thời, nó cũng không phụ thuộc vào bất cứ thứ trung chuyển bên ngoài nào. Thực vật phát triển theo cách này không thể thay đổi đặc tính của mình và do vậy các đặc tính của loài có thể được duy trì. Bằng cách này, một loài có thể giữ nguyên sự thuần chủng.